项目发基金吗？
首先说，这个项目的融资是合理的。 然后说一下为什么说是自筹资金而不是政府资金。 根据题主的描述来看（我并不是很了解这个项目所以只能根据题主的描述来分析），这个项目是一个农业项目，那么按照目前我国的财政支出预算管理办法，一般只有公益性建设项目才能使用财政资金。而且看题主的描述应该是这个养殖场有政府投资入股的情况，既然政府已经投资了那当然不会只投资钱的，应该还会提供一些补贴或者优惠，这样算下来其实最终由企业负担的还是比较少。
从企业的角度来看，虽然最初投入比较多但是后续的成本相对较低甚至可能没有（因为政府会有补贴），这样看来似乎也没什么不可以接受。但是如果真的存在题主所说“因前期政府投入较多造成企业运营成本上升”这种情况的话就值得商榷了，毕竟作为企业你一开始就不愿意承担政府投资的这部分金额那么你当初为什么要政府的投资呢？ 所以从这个角度看这个项目用的钱确实是自筹资金而非政府资金。不过这种有政府投资的项目在申报过程中需要比较严格的程序和论证不然很容易出现腐败和项目失败的问题。
建议题主可以再详细说说这个项目的情况我们再进行进一步的分析。