如何清理小股东的股份？
这个案例很有意思，因为其中涉及了股权架构设计和股权激励两个领域的问题。所以，我们在这里花一点篇幅分别讨论一下这两个问题。
首先，关于公司要注销股东的问题。根据题主的表述，该股东已经不存在经营公司的情况了，所以可以视为该股东对公司已不履行出资义务。根据《公司法》第二十八条、第三十一条的规定，股东应当按期足额缴纳各自所认缴的出资额；股东不按照前款规定缴纳出资的，除应当向公司全额缴纳到位的出资外，还应当向已按期足额缴纳出资的股东承担违约责任。 其他股东有权要求该股东缴纳到期未缴纳的出资；也可以由公司以该股东未履行的出资为限，对其提起诉讼。
其次，我们再来看看公司要注销高管的问题。高管指的是公司内部的管理层人员，一般包括总经理（总裁）、副总经理等高级管理人员。这里需要区分的是，对于非经股东会或董事会决议任命的高管人员，如总经理（总裁），公司的章程没有规定其任职期限的，属于劳动合同的约定范围，用人单位可以随时解除。但如果是经股东会或者董事会决议任命的高管人员，解除程序上就较为严格。 根据《公司法》第四十九条、第一百零三条以及《证券法》第六十二条、第六十三条和《上市公司治理准则》第26条的规定，高级管理人员的任免应当按照法律、行政法规及公司章程的有关规定进行；且应当具备相应的任职条件，符合有关法律、法规和政府部门的有关规定，并征得公司的信任。
对于经股东会或董事会决议任命的高管人员还有严格的解除限制——必须经股东大会决议解除。除非出现《公司法》中规定的情形，股东不能随意解除经股东会决议聘任的高级管理人员。 所以，如果公司想要清除高管，就必须依照《公司法》及相关规定召开股东会并形成有效决议。 另外需要注意的一点是，由于本案中的高管同时也是公司的股东，那么还需要注意避免股东资格兼得的问题。即即使公司通过股东会决议的方式取消了高管的股东资格，也不能对其实际权益造成任何损害。否则就可能被认定无效。