水利基金到底免征了吗？
首先，水利建设基金属于政府性基金（区别于税收），其法律依据是《中华人民共和国水法》和《财政部 国家发改委 关于扩大政府采购及非税收入征收电子划拨改革试点工作的通知》（财库〔2013〕17号）；由地方税务局负责征收管理、拨付使用等相关工作。
其次，根据上述文件要求，目前只有北京等8个省市被选定为试点地区，对“非税收入”进行电子化划拨改革。具体请看文件附件——《第二批政府采购电子支付试点地区名单的通知附件》，其中没有山东。即山东省的水利建设基金还按照原有的方式办理缴纳和退还手续。但是，山东省已经出台相关政策，计划用3年左右的时间，把全省的基金征收业务全部纳入金税三期工程，实现网上申报、查询、打印和下载凭证等功能，并逐步扩大至所有涉税业务的办理。（详见山东省地税局网站）
综上，我认为山东省的水利基金应该还是会征的，只是还没有联网而已。至于你单位收到的资金是否是水利基金，还应查看你的缴费通知单，上面应该注明是“水利基金”还是“城建教育附加费”，或者是其他什么名头的。